Hintergründe & ausgewählte Publikationen

ULM: Ultrasound Localization Microscopy

In den 1880er Jahren wurden durch die Gebrüder Curie die piezoelektrischen Schallwellen erstmalig beschrieben, die Grundlage für die heutige Sonographie (Curie et al. 1880). Während „Ultraschallwellen“ zunächst militärische Zwecke (Echolot) erfüllten, konnten diese bereits ab Mitte des 20. Jahrhunderts den Einzug in die Medizin feiern (Dussik 1942, Donald et al. 1958). Die B-Bild Sonographie zeichnet sich bis heute insbesondere durch die exakte morphologische Darstellung von Geweben aus, die Interpretation obliegt jedoch meist dem Untersucher. In der Kinder- und Jugendheilkunde ist der Stellenwert der Sonographie besonders groß. Die nichtinvasive, schnelle und zielgenaue Diagnostik ist für viele klinische Fragestellungen Mittel der Wahl (Regensburger et al. 2019). Neuere Methoden, wie die Acoustic Radiation Force Impulse (ARFI) Elastographie, erlauben auch quantitative Analysen, beispielsweise die Messung der Lebersteifigkeit als Surrogatparameter für die Leber Fibrose bei Patienten mit Cystischer Fibrose (Schnell et al. 2023). Der Einsatz von intravenös applizierten Kontrastmitteln erlaubt es, weitere, teils sehr komplexe Fragestellung in der pädiatrischen Sonographie zu lösen (Knieling et al. 2016). Durch die off-label Anwendung bei Säuglingen konnte beispielsweise eine transfontanelläre Darstellung und Quantifizierung der Hirnperfusion während komplexer kinderherzchirurgischer Operationen an der Herz-Lungen-Maschine erfolgen (Knieling et al. 2020, Knieling et al. 2022, Rüffer et al. 2022) (Video). Neue Möglichkeiten der KI unterstützten Auswertung und Nachverfolgung von einzelnen Kontrastmittelbläschen erlaubt einzigartiges „super-resolution imaging“ (Ultrasound-Localization Microscopy, ULM ) (Errico et al. 2015). Dies kann genutzt werden um beispielsweise kleinste Gefäße bei Neugeborenen mit Schlaganfall oder nach Gefäßinterventionen zu charakterisieren (Video).

Hoerning, A., J. Jüngert, G. Siebenlist, F. Knieling and A. P. Regensburger (2024). „Ultrasound in Pediatric Inflammatory Bowel Disease-A Review of the State of the Art and Future Perspectives.“ Children (Basel) 11(2)

Danko, V., J. Jüngert, S. Schuessler, A. Buehler, D. Klett, A. Federle, A. Roos, H. Lochmüller, M. F. Neurath, J. Woelfle, R. Trollmann, M. J. Waldner, F. Knieling, A. P. Regensburger and A. L. Wagner (2023). „Hybrid reflected-ultrasound computed tomography versus B-mode-ultrasound for muscle scoring in spinal muscular atrophy.“ J Neuroimaging 33(3)

Schnell, A., J. Jüngert, D. Klett, H. Hober, N. Kaiser, R. Ruppel, A. Geppert, C. Tremel, J. Sobel, E. Plattner, S. Schmitt-Grohé, S. Zirlik, D. Strobel, M. F. Neurath, F. Knieling, M. Rauh, J. Woelfle, A. Hoerning and A. P. Regensburger (2023). „Increase of liver stiffness and altered bile acid metabolism after triple CFTR modulator initiation in children and young adults with cystic fibrosis.“ Liver Int 43(4)

Knieling, F., R. Cesnjevar, A. P. Regensburger, A. L. Wagner, A. Purbojo, S. Dittrich, F. Münch, A. Neubert, J. Woelfle, J. Jüngert and A. Rüffer (2022). „Transfontanellar Contrast-enhanced US for Intraoperative Imaging of Cerebral Perfusion during Neonatal Arterial Switch Operation.“ Radiology 304(1)

Rüffer, A., F. Knieling, R. Cesnjevar, A. Regensburger, A. Purbojo, S. Dittrich, F. Münch, J. Wölfle and J. Jüngert (2022). „Equal cerebral perfusion during extended aortic coarctation repair.“ Eur J Cardiothorac Surg 61(2)

Aguilar, C., A. P. Regensburger, F. Knieling, A. L. Wagner, G. Siebenlist, J. Woelfle, H. Koehler, A. Hoerning and J. Jüngert (2021). „Pediatric Buried Bumper Syndrome: Diagnostic Validity of Transabdominal Ultrasound and Artificial Intelligence.“ Ultraschall Med 43(05)

Knieling, F., A. Rüffer, R. Cesnjevar, A. P. Regensburger, A. Purbojo, S. Dittrich, F. Münch, A. Neubert, S. Meyer, D. Strobel, W. Rascher, J. Woelfle and J. Jüngert (2020). „Transfontanellar Contrast-Enhanced Ultrasound for Monitoring Brain Perfusion During Neonatal Heart Surgery.“ Circ Cardiovasc Imaging 13(3)

Regensburger, A. P., F. Knieling, A. Feldkamp, W. Rascher, K. Diesch, J. Woelfle, H. U. Prokosch and J. Jungert (2019). „Time Tracking of Standard Ultrasound Examinations in Pediatric Hospitals and Pediatric Medical Practices – A Multicenter Study by the Pediatric Section of the German Society of Ultrasound in Medicine (DEGUM).“ Ultraschall Med

Regensburger, A. P., A. L. Wagner, G. Hanslik, S. C. Schussler, F. B. Fahlbusch, J. Woelfle, J. Jungert, R. Trollmann and F. Knieling (2019). „Ultra-high-frequency ultrasound in patients with spinal muscular atrophy: A retrospective feasibility study.“ Muscle Nerve

Knieling, F., D. Strobel, O. Rompel, M. Zapke, C. Menendez-Castro, M. Wolfel, J. Schulz, W. Rascher and J. Jungert (2016). „Spectrum, Applicability and Diagnostic Capacity of Contrast-Enhanced Ultrasound in Pediatric Patients and Young Adults after Intravenous Application – A Retrospective Trial.“ Ultraschall Med 37(6)

Knieling, F., D. Strobel, O. Rompel, M. Zapke, C. Menendez-Castro, M. Wölfel, J. Schulz, W. Rascher and J. Jüngert (2016). „Spectrum, Applicability and Diagnostic Capacity of Contrast-Enhanced Ultrasound in Pediatric Patients and Young Adults after Intravenous Application – A Retrospective Trial.“ Ultraschall Med 37(6)

Machtaler, S., F. Knieling, R. Luong, L. Tian and J. K. Willmann (2015). „Assessment of Inflammation in an Acute on Chronic Model of Inflammatory Bowel Disease with Ultrasound Molecular Imaging.“ Theranostics 5(11)

Grieshaber-Bouyer Mandelbaum, H., F. Wachter, L. Denis, C. Reisinger, A. Bühler, J. Yan, A. Hilger, T. Jobst-Schwan, S. Hebert, P. Morhart, J. Jüngert, O. Couture, M. Schiffer, J. Wölfle, H. M. Reutter, F. Knieling, G. Hanslik and A. Regensburger (2025). „Sensing Ultrasound Localization Microscopy for Ultrastructural and Functional Imaging of Neonatal Kidneys.“ European Journal of Ultrasound. DOI: 10.1055/a-2700-9184.

Schwarz, S., L. Denis, E. Nedoschill, A. Bühler, V. Danko, A. Hilger, F. Brevis Nuñez, N. R. Dürr, M. Schlunz-Hendann, F. Brassel, U. Felderhoff-Müser, H. M. Reutter, J. Wölfle, J. M. Jüngert, C. Dohna-Schwake, N. Bruns, A. Regensburger, O. Couture, H. Mandelbaum and F. Knieling (2025). „Ultrasound Super-Resolution Imaging of Neonatal Cerebral Vascular Reorganization.“ Advanced Science 12: 2415235. DOI: 10.1002/advs.202415235.

MSOT: Multispektrale Optoakustische Tomographie

In den 1880er Jahren wurden durch Alexander Graham Bell (Bell 1880) erstmalig der photoakustische Effekt beschrieben. Die Nutzung des photo- oder optoakustischen Effekts zur Bildgebung und Anwendung am Menschen wurde erstmals in den 1990er Jahre beschrieben (Oraevsky 1994). Der Einsatz von darauf basierenden Nachfolgetechnologien, wie der Multispektralen Optoakustischen Tomographie (MSOT), werden dagegen erst seit den 2010er Jahren intensiver verfolgt. MSOT vereint die Vorteile von optischer (Kontrast) und akustischer (Eindringtiefe) Bildgebung. So lassen sich durch die Nutzung von Laserlicht unterschiedlicher Wellenlängen verschiedene Moleküle bzw. Chromophore (z.B. Hämoglobin, Fett, Wasser, Kollagen und Melanin) anregen. Dies führt zu einer thermoelastischen Expansion mit anschließender Aussendung von Druck- bzw. Ultraschallwellen, die mit derselben Untersuchungseinheit detektiert und schlussendlich sichtbar und quantifiziert werden können (Ntziachristos et al. 2010, Tzoumas et al. 2014). Dieser molekulare Bildgebungsansatz ermöglicht eine völlig neuartige Bewertung von Gewebeveränderungen bei unterschiedlichsten Erkrankungen. Da sich im Bereich des eingestrahlten Nahinfrarotlichts insbesondere Hämoglobin zur Detektion mittels OAI eignet, lag der Schwerpunkt vieler präklinischer als auch klinischer Pilotstudien bei entzündlichen (Regensburger et al. 2021), kardiovaskulären, onkologischen und muskulären Erkrankungen (Attia et al. 2019). Insbesondere auch bei Kindern und Jugendlichen mit neuromuskulären Erkrankungen können neue Biomarker für die Bewertung der krankheitsschwere aufgezeichnet werden (Regensburger et al. 2019, Regensburger et al. 2022, Nedoschill et al. 2024). Auf dem Gebiet der gastrointestinalen Erkrankungen konnten mittels Optoakustik in ersten Pilotexperimenten bereit entzündlichen Darmveränderungen im Mausmodell detektiert werden (Knieling et al. 2018) (Buehler et al. 2023). Auch mittels klinischem, handgeführten MSOT konnte die Krankheitsschwere von erwachsenen und kindlichen Patienten mit chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen beurteilt werden (Waldner et al. 2016, Knieling et al. 2017, Regensburger et al. 2024). Dies belegt einen weiteren großen Vorteil dieser Technologie: durch Skalierbarkeit von Eindringtiefe und Auflösung werden translationale Forschungsansätze von der Zelle über das Mausmodell bis hin zum Menschen möglich – ein entscheidender Vorteil, wenn es um Validierung und Beschleunigung von translationaler Forschung geht. Mithilfe exogen zugeführter Absorber bzw. Farbstoffe können durch MSOT nicht nur molekulare sondern auch funktionelle Parameter generiert werden. Insbesondere der Farbstoff Indocyaningrün (ICG) konnte bereits mittels OAI detektiert werden (Paulus et al. 2023). Die Etablierung von OAI Technologien in der klinischen Routine ist Ziel des International Photoacoustic Standardization Consortium (IPASC) (Assi et al. 2023).

In-vivo-RSOM-Aufnahme der Darmwand einer Maus mit Segmentierung des Darmlumens mittels TAG und anschließender Isolation der Darmwand durch Cropping.

(Link to study: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11615813/)

Nedoschill, E., A. L. Wagner, V. Danko, A. Buehler, R. Raming, J. Jüngert, M. F. Neurath, M. J. Waldner, U. Rother, J. Woelfle, R. Trollmann, F. Knieling and A. P. Regensburger (2024). „Monitoring spinal muscular atrophy with three-dimensional optoacoustic imaging.“ Med 5(5)

Regensburger, A. P., M. Eckstein, M. Wetzl, R. Raming, L. P. Paulus, A. Buehler, E. Nedoschill, V. Danko, J. Jüngert, A. L. Wagner, A. Schnell, A. Rückel, U. Rother, O. Rompel, M. Uder, A. Hartmann, M. F. Neurath, J. Woelfle, M. J. Waldner, A. Hoerning and F. Knieling (2024). „Multispectral optoacoustic tomography enables assessment of disease activity in paediatric inflammatory bowel disease.“ Photoacoustics 35

Assi, H., R. Cao, M. Castelino, B. Cox, F. J. Gilbert, J. Gröhl, K. Gurusamy, L. Hacker, A. M. Ivory, J. Joseph, F. Knieling, M. J. Leahy, L. Lilaj, S. Manohar, I. Meglinski, C. Moran, A. Murray, A. A. Oraevsky, M. D. Pagel, M. Pramanik, J. Raymond, M. K. A. Singh, W. C. Vogt, L. Wang, S. Yang, I. Members of and S. E. Bohndiek (2023). „A review of a strategic roadmapping exercise to advance clinical translation of photoacoustic imaging: From current barriers to future adoption.“ Photoacoustics 32

Buehler, A., E. Brown, L. P. Paulus, M. Eckstein, O. M. Thoma, M. E. Oraiopoulou, U. Rother, A. Hoerning, A. Hartmann, M. F. Neurath, J. Woelfle, O. Friedrich, M. J. Waldner, F. Knieling, S. E. Bohndiek and A. P. Regensburger (2023). „Transrectal Absorber Guide Raster-Scanning Optoacoustic Mesoscopy for Label-Free In Vivo Assessment of Colitis.“ Adv Sci (Weinh)

Paulus, L. P., A. Buehler, A. L. Wagner, R. Raming, J. Jüngert, D. Simon, K. Tascilar, A. Schnell, U. Rother, M. Eckstein, W. Lang, A. Hoerning, G. Schett, M. F. Neurath, M. J. Waldner, R. Trollmann, J. Woelfle, S. E. Bohndiek, A. P. Regensburger and F. Knieling (2023). „Contrast-Enhanced Multispectral Optoacoustic Tomography for Functional Assessment of the Gastrointestinal Tract.“ Adv Sci (Weinh)

Regensburger, A. P., A. L. Wagner, V. Danko, J. Jungert, A. Federle, D. Klett, S. Schuessler, A. Buehler, M. F. Neurath, A. Roos, H. Lochmuller, J. Woelfle, R. Trollmann, M. J. Waldner and F. Knieling (2022). „Multispectral optoacoustic tomography for non-invasive disease phenotyping in pediatric spinal muscular atrophy patients.“ Photoacoustics 25

Regensburger, A. P., E. Brown, G. Kronke, M. J. Waldner and F. Knieling (2021). „Optoacoustic Imaging in Inflammation.“ Biomedicines 9(5)

Regensburger, A. P., L. M. Fonteyne, J. Jungert, A. L. Wagner, T. Gerhalter, A. M. Nagel, R. Heiss, F. Flenkenthaler, M. Qurashi, M. F. Neurath, N. Klymiuk, E. Kemter, T. Frohlich, M. Uder, J. Woelfle, W. Rascher, R. Trollmann, E. Wolf, M. J. Waldner and F. Knieling (2019). „Detection of collagens by multispectral optoacoustic tomography as an imaging biomarker for Duchenne muscular dystrophy.“ Nat Med 25(12)

Knieling, F., J. Gonzales Menezes, J. Claussen, M. Schwarz, C. Neufert, F. B. Fahlbusch, T. Rath, O. M. Thoma, V. Kramer, B. Menchicchi, C. Kersten, K. Scheibe, S. Schurmann, B. Carle, W. Rascher, M. F. Neurath, V. Ntziachristos and M. J. Waldner (2018). „Raster-Scanning Optoacoustic Mesoscopy for Gastrointestinal Imaging at High Resolution.“ Gastroenterology 154(4)

Knieling, F., C. Neufert, A. Hartmann, J. Claussen, A. Urich, C. Egger, M. Vetter, S. Fischer, L. Pfeifer, A. Hagel, C. Kielisch, R. S. Gortz, D. Wildner, M. Engel, J. Rother, W. Uter, J. Siebler, R. Atreya, W. Rascher, D. Strobel, M. F. Neurath and M. J. Waldner (2017). „Multispectral Optoacoustic Tomography for Assessment of Crohn’s Disease Activity.“ N Engl J Med 376(13)

Waldner, M. J., F. Knieling, C. Egger, S. Morscher, J. Claussen, M. Vetter, C. Kielisch, S. Fischer, L. Pfeifer, A. Hagel, R. S. Goertz, D. Wildner, R. Atreya, D. Strobel and M. F. Neurath (2016). „Multispectral Optoacoustic Tomography in Crohn’s Disease: Noninvasive Imaging of Disease Activity.“ Gastroenterology 151(2)

AI, Bioinformatics & Image Analysis

Moderne bildgebende Verfahren erzeugen zunehmend komplexe und hochdimensionale Daten, deren quantitative Auswertung weit über die rein visuelle Beurteilung hinausgeht. Im PETI Lab entwickeln und nutzen wir Methoden der künstlichen Intelligenz, Bildverarbeitung und Bioinformatik, um aus medizinischen Bilddaten objektive und reproduzierbare Informationen zu gewinnen.

Ein besonderer Schwerpunkt liegt auf der automatisierten Analyse funktioneller und molekularer Bildgebung. Hierzu gehören die Segmentierung anatomischer Strukturen, Bewegungs- und Bildkorrektur, Objekterkennung und -verfolgung sowie die quantitative Charakterisierung von Gewebe, Perfusion und mikrovaskulären Strukturen.

Bei der Ultrasound Localization Microscopy (ULM) ermöglichen computergestützte Analyseverfahren beispielsweise die Detektion und Verfolgung einzelner Mikrobläschen und die Rekonstruktion hochaufgelöster Gefäßnetzwerke. Daraus können quantitative Parameter wie Gefäßdichte, Blutflussgeschwindigkeit, Flussrichtung, Tortuosität und Perfusionsverteilung abgeleitet werden.

Darüber hinaus untersuchen wir Machine-Learning- und Deep-Learning-Ansätze zur automatisierten Bildanalyse, Mustererkennung und Entwicklung neuer bildgebender Biomarker. Durch die Kombination von Bilddaten mit klinischen und molekularen Informationen sollen komplexe Krankheitsprozesse besser charakterisiert und neue nicht-invasive diagnostische Marker identifiziert werden.

Unser Ziel ist die Entwicklung robuster und reproduzierbarer Analyseverfahren, die innovative Bildgebung von der experimentellen Forschung bis hin zur klinischen Anwendung unterstützen.

Zellkultur & Manducta sexta Raupe

Zur präzisen Untersuchung komplexer zellulärer Prozesse in einer kontrollierten Laborumgebung (in vitro) nutzen wir moderne Methoden der Zellkultur. Im Fokus unserer Arbeit stehen die humanen Dickdarm-Zelllinien Caco-2 und HT-29, die wir auf speziellen Membran-Einsätzen (Inserts) kultivieren. So können wir eine funktionelle Darmbarriere mit einer apikalen und basolateralen Seite realitätsnah nachbilden. Ergänzt wird dieses System durch THP-1-Zellen (eine humane Monozyten-Zelllinie). Nach gezielter Differenzierung simulieren diese komplexe Entzündungsprozesse, wie sie bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (IBD) auftreten. Gemeinsam bilden diese Zellen ein dynamisches Monolayer-Modell, an dem wir das Verhalten der Barriere sowie die Überexpression spezifischer Proteine nach verschiedenen Stimulationen analysieren. Zur Auswertung kommen dabei klassische und moderne biochemische sowie histologische Methoden wie Western Blot und Immunfärbungen (Immunostaining) zum Einsatz. Zudem nutzen wir diese Plattform, um das Potenzial neuartiger Zink- und Silber-Komplexe auf ihre entzündungshemmenden Effekte hin zu testen.

In enger Kooperation mit der Arbeitsgruppe von Dr. Anton Windfelder (https://www.windfelder-lab.com/de ) nutzen wir die Raupen des Tabakschwärmers (Manduca sexta) als innovatives, alternatives Tiermodell. Obwohl diese Insektenlarven evolutionär weit vom Menschen entfernt sind, weisen sowohl die Struktur ihres Darmepithels als auch die zelluläre, angeborene Immunantwort des Darms eine starke evolutionäre Ähnlichkeit mit der von Säugetieren auf. Dies macht sie zu einem wertvollen translationalen Modell, mit dem sich die grundlegende Immunologie und die pathophysiologischen Mechanismen hinter entzündlichen Darmerkrankungen auf zellulärer Ebene untersuchen lassen.
Das etablierte Darmentzündungsmodell dieser Insektenlarven erlaubt es, pathophysiologische Prozesse auf ethische und effiziente Weise zu untersuchen.¹,² Basierend darauf setzen wir diesen Modellorganismus ein, um moderne bildgebende Verfahren – mit besonderem Fokus auf die Optoakustik – sowie Farbstoffe und Kontrastmittel zu testen, zu optimieren und zu validieren. Als Mitglied der Erlanger Initiative 3R (https://www.fpz.med.fau.de/manduca-sexta-tabakschwaermer) leisten wir im Sinne des Tierwohls damit einen aktiven Forschungsbeitrag zur Etablierung von Alternativmethoden gegenüber klassischen Labortieren.

1 WINDFELDER, Anton G., et al. High-throughput screening of caterpillars as a platform to study host–microbe interactions and enteric immunity. Nature communications, 2022

2 WINDFELDER, Anton G., et al. An enteric ultrastructural surface atlas of the model insect Manduca sexta. Iscience, 2024